Prin sprijinirea inovaţiei la nivel de tehnologii, procese şi produse, pentru reducerea emisiilor şi promovării RES, Fondul pentru inovare este complementar cu:
- Programul Operațional Regional Axa 3, care sprijină dezvoltarea de regiuni cu orașe smart și prietenoase cu mediul
- Programul Operaţional Dezvoltare Durabilă Axa 1, care promovează eficienţa energetică, reţelele inteligente de transport al energiei, respectiv utilizarea combustibililor şi a soluţiilor de stocare
- Programul Operaţional Tranziţie Justă Axa 2, care susţine investiţii în tehnologii şi infrastructuri pentru o energie curată cu emisii reduse
- Programul Operațional Creștere Inteligentă, Digitalizare și Instrumente Financiare, care propune măsuri în domeniile inovării/ specializării inteligente şi digitalizării
- Planul National Strategic
- Fondul de mediu, care susţine proiecte şi programe dedicate protecţiei mediului prin eficientizare energetică, reducerea pierderilor energetice și ale emisiilor cu efect de seră
- ElectricUp, program care vine în sprijinul dezvoltării sectorului energiei din surse regenerabile și creșterii eficienţei energetice
- Programul Termoficare, cu acţiuni ce vizează modernizarea, eficientizarea, retehnologizarea sau realizarea de sisteme noi de alimentare centralizată cu energie termică a localităţilor
- Planul Național de Redresare și Reziliență, prin promovarea acţiunilor legate de tranziţia energetică, exploatarea surselor regenerabile de energie, retehnologizarea şi digitalizarea sistemelor energetice, decarbonarea industriei energetice
- Granturile SEE și Norvegiene, care finanţează şi proiecte din domeniul energie regenerabilă şi securitate energetică, ori de eficienţă energetică
- Interreg, al cărui scop este de a aborda provocările comune transnaţionale şi interregionale, inclusiv cele din domeniul energiei durabile
- Mecanismul pentru Interconectarea Europei, care își propune dezvoltarea reţelelor energetice transeuropene şi cooperarea în domeniul energiei din surse regenerabile
- Orizont Europa, în ceea ce priveşte investiţiile inovatoare în energie, implicit Consiliul European pentru Inovare care îşi propune să sprijine tehnologii avansate şi inovaţii pentru crearea de noi pieţe şi scalare la nivel internaţional
- Mecanismul Uniunii de finanțare a energiei din surse regenerabile, care susţine creşterea capacităţilor de producere a energiei regenerabile prin investiţii comune ale statelor membre
- Fondul de modernizare, care finanţează acţiuni privind tranziţia energetică, creşterea ponderii surselor regenerabile de energie, eficienţa energetică şi modernizarea reţelelor şi sistemelor energetice
- LIFE, la nivelul sub-programului Tranziția energiei curate, care vizează dezvoltarea capacităţii de a crea cadrul şi condiţiile pentru tranziţia energetică
- InvestEU, care sprijină investiţii în energie regenerabilă şi eficienţă energetică, inovarea şi digitalizarea
- Fondul european pentru eficiență energetică, care vizează investiţiile de eficienţă energetică şi energie regenerabilă la scară mica, în special în mediul urban